Do có vị trí hẻo lánh, ngành sản xuất của Mã Tổ chưa từng được phát triển toàn diện. Trong số đó, ngành sản xuất rượu vang của xưởng rượu Mã Tổ là đặc điểm nổi bật nhất. Du lịch trở thành đặc điểm quan trọng cao độ trong nền kinh tế.[33]

Tuy nhiên, hầu hết hoạt động giao dịch thương mại tập trung vào ngành bán lẻ và nhà hàng phục vụ nhu cầu quân sự đồn trú. Các nông sản của Mã Tổ là gạo, mía, trà, cam. Hải sản như cá, nghêu, sứa cũng là mặt hàng xuất cảng nổi tiếng do là ngành truyền thống của Mã Tổ. Tuy nhiên, ngư trường phong phú một thời nay hầu như cạn kiệt do tàu cá Đại lục đánh bắt bừa bãi, trong khi sản lượng cá giảm đi.[9]

Vào tháng 7 năm 2012, cư dân Mã Tổ bỏ phiếu thuận trong việc cho phép mở sòng bạc, dẫn đến triển vọng cho ngành trò chơi có thưởng trong huyện và thông qua điều lệ quản lý tham quan sòng bạc (tiếng Trung: 觀光賭場管理條例).[34]

Năm 1975, Công ty Điện lực Mã Tổ được thành lập nhằm vận hành tất cả các nhà máy điện trên quần đảo. Đến năm 1986, nó được hợp nhất vào Công ty Điện lực Đài Loan.[35] Điện năng tại quần đảo được cung cấp từ nhà máy điện Chu Sơn trên đảo Nam Can với công suất 15,4 MW hoàn thành vào năm 2010. Ngoài ra còn có nhà máy điện Bắc Can, nhà máy điện Đông Dân, nhà máy điện Đông Cử, nhà máy điện Tây Cử. Quần đảo cũng lắp đặt hệ thống quang điện.[36]

Du lịch đã trở thành lĩnh vực chủ chốt trong kinh tế địa phương.[33] Chính quyền huyện Liên Giang có các nỗ lực nhằm thu hút thêm du khách đến quần đảo Mã Tổ, đặc biệt là khách ngoại quốc.[37][38] Đường hầm Bắc Hải tại đảo Nam Can được xây dựng bằng công sức của hàng nghìn người vào năm 1968, nó từng là một địa điểm quân sự và không được mở cửa cho công chúng trước năm 1990. Quần đảo Mã Tổ có Bảo tàng sinh thái nước mắt lục Mã Tổ, Bảo tàng văn hóa dân gian Mã Tổ, Nhà Kỷ niệm Kinh Quốc tiên sinh.